Andijon davlat universitetining kafedralarida tegishli ixtisosliklar bo‘yicha ustoz–shogird maktablari faoliyat yuritib, ushbu maktablarda professor-o‘qituvchilar, doktorantlar, magistrantlar va talabalar birgalikda ilmiy faoliyat olib boradilar.

Ular maqola, tezis, dissertatsiyalar hamda ilmiy loyihalarni tayyorlash, chop etish va turli tanlovlarda ishtirok etish bilan shug‘ullanadilar.

Ilmiy tadqiqot faoliyati bilan shug‘ullanuvchi professor-o‘qituvchilar uchun universitetda barcha zarur sharoitlar yaratilgan.

Jumladan, laboratoriya tajribalari bilan bog‘liq tadqiqotlar uchun “Tovarlar kimyosi va xalq tabobati ilmiy-ishlab chiqarish markazi”, “Qayta tiklanuvchi energiya manbalari (RENESLAB)” laboratoriyasi, “Qatag‘on qurbonlari xotirasi muzeyi” hamda respublikadagi boshqa oliy ta’lim va ilmiy tadqiqot institutlari bilan ilmiy hamkorlik yo‘lga qo‘yilgan.

Bundan tashqari, universitetning Axborot-resurs markazida tadqiqotchilar uchun alohida kompyuterlashtirilgan xonalar ajratilgan bo‘lib, bu yerda elektron adabiyotlar, bepul internet hamda juda boy adabiyotlar fondidan foydalanish imkoniyati mavjud.