Кафедра экологии и ботаники была образована в 1931 году на базе факультета естественной географии «Андижанского государственного педагогического института». Учебно-образовательные и воспитательные работы работавших в то время опытных педагогов-учителей имела очень важное историческое значение. Большое историческое значение имела образовательная и воспитательная работа опытных педагогов, действовавших в то время.

В 1963 году при преобразовании Андижанского государственного учительско-педагогического института в «педагогический институт» была создана единая кафедра ботаники, и в эту кафедру были включены все естественные науки. Благодаря этому, на сегодняшний день кафедра ботаники считается одной из основных кафедров вуза. За это время на кафедре выпустились такие самоотверженные ученые, как кандидат биологических наук, доцент Иномиддин Саттибоев, кандидат биологических наук, доцент Одильжон Джалолов.

По сей день работающие на кафедре С. Холиков (1975-1986; 1991-1999), О. Жалолов (1986-1988), А. Дариев (1988-1991), К. Тожибоев (1999-2002), Т. Мадумаров (2002-2006) 2008-2010), Н.Норалиева (2006-2008), Д.Тойчиева (2010-2011), А.Ш.Маматюсупов (2011-2012), Э.Розматов (2012-2015) А.А.Мирсинова (2015)-2017 ) В настоящее время заведующей кафедрой является доктор биологических наук, доцент Норалиева Насибахан Мамановна.

На кафедре экологии и ботаники, входящей в состав факультета естественных наук, в настоящее время работают 18 профессоров. Также в целях повышения научного потенциала кафедры были привлечены 4 внутренних и 4 внешних эксперта.

Научный потенциал кафедры составляет 61%, средний возрастной показатель 47 лет.

В настоящее время 3 доктора наук, 3 кандидата биологических наук, доцента, 5 преподавателей со степенью доктора философии (PhD) по биологическим наукам обеспечивают студентов углубленными знаниями по профильным предметам. Азизбек Абдураззоков, Хайрулло Солижонов и Дилором Набиева из основных докторантов готовятся к защите ученой степени кандидата биологических наук.

Профессора кафедры подготовили лауреатов государственной стипендии имени Улугбека и имени Ислама Каримова. Также талантливые студенты кафедры заняли 1-2-3 места в Республиканской научной олимпиаде по экологии.

На сегодняшний день коллектив профессорско-преподавательского состава кафедры экологии и ботаники насчитывает 120 студентов по образованию бакалавриата 60710400 - «Экология и охрана окружающей среды (по отраслям и отраслям), 70710402 - Экология (по отраслям и отраслям) 10 человек по специальности и 21 человек по специальности 70510101-Биология (ботаника) дают углубленные знания своим магистрам.

С 2017 года на кафедре открыта докторантура по направлениям 03.00.10-Экология, 03.00.05-Ботаника, где 1 докторант и 11 базовых докторантов ведут свои исследования по актуальным проблемам биологии и экологии.

Также на кафедре создан «Гербарный центр» усилиями Октама Пратова, доктора биологических наук, профессора, лауреата государственной премии имени Беруни, где хранится более 2000 образцов растений, относящихся к флоре Узбекистана и Ферганской долины. Этот уникальный фонд широко используется одаренными студентами, магистрантами и докторантами для своих исследований.

Для удобства студентов и магистров созданы «Библиотека кафедры» и «Электронная библиотека». В настоящее время студенты, обучающиеся по направлениям кафедры, имеют доступ к около 100 научных литератур и более 300 учебников и учебных пособий.

Профессорами кафедры выполнены следующие 3 грантовых проекта:

ITD № 153.4. «Содержание формирования экологических знаний и культуры у молодежи и реализовано в рамках проекта в учебно-методическом комплексе» (2009-2011 гг.)

F 5-19 «Выбор ботанических территорий особого значения – новое направление изучения и сохранения биоразнообразия в Узбекистане (на примере Ферганской долины) (2012-2016 гг.);

A 7-21 «Оценка антропогенной трансформации растительного покрова северной части Ферганской долины» (2015-2017 гг.);

Коллектив кафедры экологии и ботаники работает над новыми направлениями, новыми методами и новыми педагогическими технологиями с целью внедрения новых подходов в систему образования.