На кафедре истории Узбекистана ведется подготовка специалистов по направлению бакалавриата 5120300 – История (по странам и регионам), магистров по специальности 5А120301 - История Узбекистана. Также при кафедре с 1992 года функционирует аспирантура и докторантура по специальности 07.00.01 – История Узбекистана, в настоящее время эффективно функционирует школа старшего научного сотрудника-исследователя. На кафедре создана научная школа профессора Р.T. Шамсутдинова, в которой подготовлено более десятка научно-педагогических кадров.

При кафедре истории Узбекистана в 1993-1998, 2005 годах функционировал специализированный совет по защите кандидатских диссертаций по отечественной истории, в котором было защищено около 20 кандидатских диссертаций.

Основные научные направления кафедры: «История Российской империи и советского колониализма в Узбекистане», «История Андижана (с древнейших времен до наших дней)». За годы независимости кафедра осуществила крупные работы в плане преподавания и изучения истории Узбекистана.

За короткий 25-летний период коллектив кафедры подготовил 3-томный учебник “Ватан тарихи” по истории нашей Родины с древнейших времен до периода независимости, а также десятки крупных монографических исследований, более тысячи статей по истории политики раскулачивания, репрессий, осуществляемых советами в Узбекистане, истории джадидского движения, истории и историографии движения за национальную независимость, истории Андижана и др. Опубликовал десятки работ, более тысячи научных статей по тем или иным вопросам отечественной истории. Также коллективом авторов под руководством профессора кафедры Р.T. Шамсутдинова опубликовано около десяти монографий и книг и более ста статей, посвященных истории Андижана с древнейших времен до наших дней. Профессор Р.T.Шамсутдинов также издал книги по истории кафедры истории Узбекистана и истории Университета.

Кафедру истории Узбекистана в 1991-1998 годах возглавлял профессор Р.T.Шамсутдинов. За время его руководства кафедра поднялась на высокие позиции по всем параметрам. Из года в год кафедра расширялась, качественно совершенствовалась её учебно-научная и духовно-воспитательная деятельность. Кафедрой в 1998-1999 годах руководил профессор И.Алимов, в 1999-2001 гг. - к.и.н. Н.Кадырова, в 2001-2005 гг. - к.и.н. С.Хошимов, в 2005-2007 гг. - к.и.н. M.Абдуллаев, в 2008-2012 гг. - профессор Р.T.Шамсутдинов. В 2012-2015 гг. кафедрой заведовал доцент М.Г.Абдуллаев, В 2015-2019 гг. ею руководил к.и.н. С.Хашимов. С ноября 2019 года кафедру возглавляет кандидат исторических наук, доцент Мухаммаджон Алихожиев.

С 2016 года по инициативе профессора кафедры, доктора исторических наук Р.T. Шамсутдинова начал издаваться общественно-исторический научно-популярный журнал “Водийнома”.